กะโหลกศีรษะเป็นแหล่งสร้างภูมิคุ้มกันของสมองที่คาดไม่ถึง
ระบบภูมิคุ้มกันเป็นศัตรูที่ดีที่สุดของสมอง ช่วยปกป้องสมองจากการติดเชื้อและช่วยรักษาเนื้อเยื่อที่ได้รับบาดเจ็บ แต่ยังทำให้เกิดโรคภูมิต้านตนเองและสร้างการอักเสบที่กระตุ้นการเสื่อมของระบบประสาท ลักษณะสองคมของความสัมพันธ์ระหว่างระบบภูมิคุ้มกันและสมองอาจลงมาที่ต้นกำเนิดของเซลล์ภูมิคุ้มกันที่คอยตรวจเยื่อหุ้มสมอง เนื้อเยื่อที่ล้อมรอบสมองและไขสันหลัง